โรคช่องท้องมักจะเกี่ยวข้องกับโรคภูมิต้านตนเองเช่นโรคผิวหนังอักเสบ herpetiformis, โรคกระเพาะภูมิตัวเอง, โรคเบาหวานชนิดที่ 1, โรคสะเก็ดเงินและโรคต่อมไทรอยด์ autoimmune บางอย่างเช่น Hashimoto's thyroiditis และโรคเบสของ
แม้ว่าจะแน่ใจว่าผู้ที่เป็นโรค celiac มีแนวโน้มที่จะเป็นโรคต่อมไทรอยด์มากขึ้น แต่ก็ยากที่จะระบุเปอร์เซ็นต์ที่แม่นยำเนื่องจากความแตกต่างระหว่างข้อมูลทางระบาดวิทยาต่างๆที่ป้องกันความสัมพันธ์ที่แน่นอนระหว่างสองโรค
โดยทั่วไปคาดว่าผู้ป่วยทุกข์ทรมานจากโรค celiac เป็นสามเท่ามีแนวโน้มที่จะทุกข์ทรมานจากโรคที่มีผลต่อต่อมไทรอยด์ อย่างไรก็ตามกรณีของต่อมไทรอยด์ที่เกิดจาก hypo และ hyper-thyroid ที่เกี่ยวข้องกับ autoimmune ต่อมธัยรอยด์ที่รอดพ้นจากการศึกษาเนื่องจากผลการตรวจทางเซรุ่มวิทยาภายในขอบเขตปกติ ถึงแม้ว่าในผู้ป่วย celiac เหล่านี้ค่าของ TSH และ thyroxine (T4) นั้นอยู่ในเกณฑ์ปกติ แต่ก็เป็นไปได้ที่จะเน้นย้ำถึงปริมาณของแอนติบอดีต่อ thyroglobulin และแอนติบอดีต่อต้านต่อมไทรอยด์ เพื่อ autoimmune thyopathy นอกจากนี้ควรเน้นว่าความสัมพันธ์ระหว่างโรค celiac และโรคภูมิต้านทานผิดปกติของต่อมไทรอยด์ไม่ได้เป็นผลสืบเนื่อง; ซึ่งหมายความว่าโรคภูมิต้านทานผิดปกติของต่อมไทรอยด์สามารถวินิจฉัยได้ทั้งก่อนและในเวลาต่อมาเมื่อเปรียบเทียบกับการค้นพบโรคช่องท้อง
จากการเชื่อมโยงถึงแม้ว่า labile ระหว่างสองโรคตรงข้ามก็ใช้ได้เช่นความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของโรค celiac ในผู้ป่วยที่มี autoimmune thyroiditis เมื่อเทียบกับประชากรทั่วไป ดังนั้นในวิชาเหล่านี้จะมีอัตราการทดสอบในเชิงบวกที่สูงขึ้นของ Ab-anti-tTG (แอนติบอดีต่อต้าน transglutaminase) และ EMA (แอนติบอดีต่อต้าน endomysial)
การศึกษาบางอย่างสังเกตว่าความชุกของโรคต่อมไทรอยด์ภูมิต้านทานผิดปกติในประชากรในช่องท้องเป็นสัดส่วนกับระยะเวลาของการได้รับกลูเตน กล่าวอีกนัยหนึ่งภายหลังการวินิจฉัยคือยิ่งมีความเสี่ยงสูงที่โรค celiac เกี่ยวข้องกับความผิดปกติของต่อมไทรอยด์ autoimmune ด้วยเหตุผลเดียวกันการทานอาหารที่ไม่มีกลูเตนดูเหมือนจะส่งผลในทางบวกต่อโรคลมชักเหล่านี้ได้ แต่ไม่มีข้อยกเว้นใดที่ให้ความสำคัญกับการศึกษาจำนวนมากที่แสดงความคิดเห็น ดังนั้นจึงยังไม่ชัดเจนว่า thyroiditis แพ้ภูมิตัวเองและในผู้ป่วย celiac ขึ้นอยู่กับระยะเวลาและความรุนแรงของการได้รับกลูเตนและในทางกลับกัน ในกรณีของภาวะไทรอยด์ทำงานเกี่ยวข้องกับโรค celiac นั้นจะเห็นได้ว่าอาหารเสริม aglutinated ช่วยในหลายกรณีเพื่อลดขนาดของการบำบัดทดแทนด้วย l-thyroxine; ผลกระทบนี้อาจเกิดขึ้นในกรณีใด ๆ เนื่องจากการดูดซึมของลำไส้ที่ดีที่สุดของยาเสพติดที่เกิดจากการฟื้นฟูโครงสร้างปกติและการทำงานของเยื่อบุลำไส้
ดังที่อธิบายไว้ในบทความแนะนำการติดตามอย่างระมัดระวังของผู้ป่วยที่ทุกข์ทรมานจากโรค celiac ซึ่งรวมถึงปริมาณปกติของฮอร์โมนไทรอยด์และ TSH เพื่อตรวจสอบการทำงานของต่อมไทรอยด์ การตรวจสอบเหล่านี้มีความสำคัญอย่างยิ่งสำหรับ coeliacs ที่มีการปรากฏตัวของ antithyroid autoantibodies แล้ว
