พืชในลำไส้ที่เรียกว่า putrefactive นั้นมีความสามารถในการย่อยโปรตีนและเปปไทด์ขนาดเล็กที่สามารถย่อยสลายและดูดซึมเข้าสู่ลำไส้ได้
เน่าเปื่อยไม่น่าแปลกใจเป็นกระบวนการของการสลายโปรตีน ความจริงที่ว่าอาหารที่มีโปรตีนสูงเป็นประโยชน์ต่อการพัฒนาเชื้อแบคทีเรียในลำไส้ที่เน่าเสียง่ายซึ่งไม่ได้ตั้งใจมาก่อน
ปัญหาเกิดขึ้นจากข้อเท็จจริงที่ว่าเริ่มจากโปรตีนแบคทีเรียเหล่านี้ผลิตสารต่าง ๆ (เอมีน, แอมโมเนีย, ฟีนอล, อินโดล); ในกลุ่มคนเหล่านี้บางคน (โดยเฉพาะเอมีน) ทำให้ท้องอืดกลิ่นอันไม่พึงประสงค์ (เช่น putrescine และ cadaverine) ในขณะที่คนอื่นเป็นพิษโดยเฉพาะอย่างยิ่งหรือแม้กระทั่งสารก่อมะเร็ง
แค่คิดว่าเกิดปฏิกิริยาของไนโตรเซชันซึ่งสามารถสร้างสารก่อมะเร็งเช่นไนโตรเอมีน สิ่งนี้จะอธิบายได้ว่าทำไมอาหารที่อุดมไปด้วยเนื้อสัตว์และผักและผลไม้ต่ำมีความสัมพันธ์กับความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของโรคมะเร็งลำไส้ใหญ่
