ความเป็นกรดที่รุนแรงของเนื้อหาในกระเพาะอาหารทำให้กระเพาะอาหารมีสภาพแวดล้อมที่เป็นมิตรต่อไวรัสและแบคทีเรีย มีเพียงสปีชีส์หนึ่งเดียวคือ Helicobacter pylori สามารถอยู่รอดได้อย่างถาวรและตั้งรกรากในเยื่อบุกระเพาะอาหารของมนุษย์ ส่วนที่เหลือจุลินทรีย์ที่ติดเครื่องส่วนใหญ่จะถูกทำลายอย่างรวดเร็วภายในไม่กี่นาที
การศึกษาจำนวนมากที่ดำเนินการในหลอดทดลองได้แสดงให้เห็นว่าเนื่องจากการกระทำของแบคทีเรียที่กว้างและมีประสิทธิภาพค่าพีเอชจะต้องต่ำโดยเฉพาะ โดยเฉพาะค่า pH 2.0 หรือน้อยกว่าโดยทั่วไปจะฆ่าแบคทีเรียทั้งหมด อย่างไรก็ตามความเป็นกรดดังกล่าวมีอยู่ในกระเพาะอาหารภายใต้เงื่อนไขการอดอาหารเท่านั้นในขณะที่หลังอาหารการมีอาหาร (ยานพาหนะหลักที่แบคทีเรียแทรกซึมเข้าไปในกระเพาะอาหาร) จะเพิ่มค่าพีเอชเป็น 4-5 ชั่วคราว
ต้องคำนึงถึงปัจจัยเวลาด้วยเช่นกันเนื่องจากค่าพีเอชต่ำกว่าจึงจำเป็นต้องใช้เวลาน้อยลงเพื่อให้ได้การกระทำที่สมบูรณ์ของแบคทีเรียและในทางกลับกัน อย่างไรก็ตามค่า pH ที่สูงกว่า 3.5 นั้นมีผลในการฆ่าเชื้อแบคทีเรียที่แย่มากในขณะที่ค่า pH ที่มากกว่า 4 จะมีผลในการฆ่าเชื้อที่ไม่เป็นผล
หลักฐานทางวิทยาศาสตร์ล่าสุดแสดงให้เห็นว่ากิจกรรมการฆ่าเชื้อแบคทีเรียนั้นไม่เพียง แต่กำหนดโดยความเป็นกรดในกระเพาะอาหารเท่านั้น แต่ยังรวมถึงเพปซิน (เอนไซม์โปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการย่อยโปรตีน) กิจกรรมของยาปฏิชีวนะบางตัวก็กระทำโดยเอนไซม์บางตัวที่มีอยู่ในน้ำย่อยเช่น defensins และ lactoferrin
ที่ด้านหน้าของจุลินทรีย์การอยู่รอดของจุลินทรีย์ต่าง ๆ ต่อกิจกรรมฆ่าเชื้อแบคทีเรียของน้ำย่อยอาจได้รับการสนับสนุนโดยการเชื่อมโยงกับองค์ประกอบอาหารบางอย่าง; ยกตัวอย่างเช่นมันแสดงให้เห็นว่าความรุนแรงของเชื้อซัลโมเนลล่านั้นสูงขึ้นอย่างมีนัยสำคัญเมื่อมันถูกนำเข้าสู่ระบบทางเดินอาหารที่มีโปรตีนปนเปื้อน (เช่นไข่หรือเนื้อสัตว์)
เห็นได้ชัดว่าแม้แต่การใช้ยาลดกรดหรือยายับยั้งโปรตอนปั๊มลดค่า pH ในกระเพาะอาหาร, ส่งเสริมการอยู่รอดของแบคทีเรียภายในกระเพาะอาหาร นอกจากนี้เมื่อปริมาณแบคทีเรียเพิ่มขึ้น (จำนวนแบคทีเรียเข้าสู่ร่างกาย) โอกาสของจุลินทรีย์บางชนิดก็เพิ่มขึ้นเช่นกัน
ปัญหาของสารพิษและสปอร์ต้องได้รับการพิจารณาด้วย สารพิษเป็นสารที่ผลิตโดยแบคทีเรียหรือองค์ประกอบของพวกเขาซึ่งสามารถสร้างความเสียหาย (อาหารเป็นพิษ) แม้ในขณะที่แบคทีเรียถูกฆ่าตายโดยกรดในกระเพาะอาหาร สปอร์เป็นรูปแบบที่สงบนิ่งซึ่งแบคทีเรียบางชนิดถอนออกเมื่อสภาพแวดล้อมไม่เอื้ออำนวย แต่จะเปิดใช้งานทันทีที่สถานการณ์เอื้ออำนวย ตัวอย่างเช่นสปอร์ Clostridium difficile เกินความเป็นกรดในกระเพาะอาหารเหมือนเดิมแล้วงอกในกระเพาะอาหาร
เมื่อเปรียบเทียบกับแบคทีเรียไวรัสมักมีแนวโน้มที่จะอยู่รอดในสภาพแวดล้อมที่เป็นกรดของกระเพาะอาหาร ไม่น่าแปลกใจที่ไวรัสที่เป็นของ Norovirus (Norwalk virus), Rotavirus, Astrovirus และ Adenovirus นั้นมักจะเกี่ยวข้องกับการปรากฏตัวของฟอร์ม diarrheal ที่ติดเชื้อ (gastroenteritis ของไวรัส)
