การ ค้นพบยาปฏิชีวนะตัวแรก นั้นมีสาเหตุมาจากอเล็กซานเดอร์เฟลมมิงนักแบคทีเรียวิทยาชาวอังกฤษในปี 2471 อย่างไรก็ตามหากปราศจากความรักชาติมากเกินไปเราสามารถพูดได้ว่าในแง่หนึ่งเฟลมมิ่งถูกนำหน้าโดยนักวิชาการชาวอิตาลี Bartolomeo Gosio และ Vincenzo Tiberio
ในปี 1892 บลูกร็อตโต สังเกตว่าน้ำในบ่อน้ำของเขามักจะดื่มได้ แต่หลังจากบ่อน้ำสะอาดแล้วด้วยการกำจัดราสีเขียวที่กระจายอย่างกว้างขวางบนผนังน้ำทำให้เกิด enterocolites ที่ไม่พึงประสงค์ จากนั้นเมื่อมีการปฏิรูปแม่พิมพ์น้ำกลับไปดื่มได้
ในปี 1895 Tiberius ตีพิมพ์งานวิจัยของเขาในหลอดทดลองและในร่างกายเกี่ยวกับพลังการฆ่าเชื้อโรคของสารสกัดน้ำที่ได้จากแม่พิมพ์เหล่านี้สรุปได้ว่าสารสกัดที่เป็นปัญหานั้นมีวิธีการป้องกันและรักษาโรค
ในปีพ. ศ. 2439 Bartolomeo Gosio (1863-1944) นักสุขอนามัยชาวอิตาเลียนค้นพบว่าสารที่ผลิตโดยเชื้อรา Penicillium ประเภทนี้ยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียและสามารถนำมาใช้ในการบำบัด Gosio เป็นคนแรกที่แยกสารปฏิชีวนะในสถานะผลึกจากเพนิซิลลิโอ สารนี้เป็นที่รู้จักกันในปัจจุบันว่าเป็นกรด mycophenolic ไม่ได้ใช้ในการบำบัดเนื่องจากความเป็นพิษ
ไม่กี่ปีต่อมาในปี 2471 นักแบคทีเรียวิทยาชาวอังกฤษ Alexander Fleming (1881-1955) สังเกตปรากฏการณ์เอกพจน์ในสื่อทางวัฒนธรรมที่เชื้อ staphylococci ได้รับการฝึกฝน ในจานนั้นในความเป็นจริงโดยไม่ตั้งใจหกสปอร์ของเชื้อรา Penicillium rubrum (ภายหลังจำแนกเป็น P. notatum ) ซึ่งได้สร้างรัศมีรอบตัวเขาซึ่งได้รับการยับยั้งและการสลายตัวของ staphylococci เฟลมมิ่งรู้สึกว่าเชื้อราที่เป็นปัญหานั้นผลิตยาปฏิชีวนะตามธรรมชาติที่สามารถขัดขวางหรือป้องกันการพัฒนาของ Staph ( Staphylococcus aureus ) และให้ชื่อ ยาปฏิชีวนะ
จากการค้นพบเฟลมมิ่งมันใช้เวลากว่าสิบปีที่ผ่านมา - จากการศึกษาของ Ernst Chain และ Howard Walter Florey - ประสบความสำเร็จในการมุ่งเน้นและทำให้บริสุทธิ์ส่วนผสม นักวิชาการทั้งสามคนได้รับรางวัลโนเบลทางการแพทย์ในปี 2488
Penicillin ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในปี 1943 โดยอุตสาหกรรมเวชภัณฑ์อเมริกันและถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในปีสุดท้ายของสงครามโลกครั้งที่สอง จากช่วงเวลาที่ผ่านมาวิทยาศาสตร์ได้ให้ยาปฏิชีวนะจำนวนมากสู่แสงสว่าง: ในปี 1944 Streptomycin ได้รับการพัฒนาโดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประสิทธิภาพต่อวัณโรค ในปี 1947 เป็นการเปลี่ยนของ chloramphenicol ซึ่งมีผลต่อไข้ไทฟอยด์ ในปี 1948 เปิดตัว aureomycin มีผลบังคับใช้กับโรคปอดบวมและการติดเชื้ออื่น ๆ ; ในปี 1949 neomycin และในปี 1950 tetramycin ซึ่งเป็นยาปฏิชีวนะในวงกว้าง
