นอกเหนือจากมาตรการป้องกันส่วนบุคคลและการควบคุมสิ่งแวดล้อมของผู้ขนส่ง โรคไข้สมองอักเสบญี่ปุ่น สามารถป้องกันได้โดยการฉีดวัคซีน
วัคซีน Ixiaro ซึ่งได้รับการรับรองจากองค์การอาหารและยา (FDA) ในสหรัฐอเมริกาและได้รับอนุญาตจาก EMEA (European Medicines Agency) ได้รับการฉีดเข้ากล้ามเนื้อในบริเวณเดลทอยด์ (ต้นแขน) ใน 2 ขนาด ซึ่งฉีดวัคซีน 4 สัปดาห์หลังจากครั้งแรก สำหรับการฉีดวัคซีนที่ใช้งานได้ดีจะต้องดำเนินการให้เสร็จสิ้นรอบสัปดาห์อย่างน้อยหนึ่งสัปดาห์ก่อนที่จะมีการติดต่อกับไวรัสไข้สมองอักเสบญี่ปุ่น
วัคซีนโรคไข้สมองอักเสบของญี่ปุ่นเหมาะสำหรับ นักเดินทาง ที่อยู่กลางแจ้งเป็นเวลานานใน พื้นที่ ที่มีเชื้อ เฉพาะถิ่น ในช่วงฤดูที่มีโอกาสแพร่เชื้อมากขึ้น อย่างไรก็ตามมันไม่ได้ระบุสำหรับบุคคลที่มีอายุต่ำกว่า 18 ปีที่ตั้งครรภ์และให้นมบุตร
