แม้ว่าในแง่นี้มันอันตรายน้อยกว่าแอลกอฮอล์คาเฟอีนยังสามารถเพิ่มผลข้างเคียงของยาบางตัวหรือเปลี่ยนการทำงานของพวกเขา
คาเฟอีนตอบโต้การกระทำของยาเสพติดสำหรับการนอนไม่หลับเป็นปรปักษ์กับผลกระทบยากล่อมประสาทและเพิ่มความยากลำบากในการนอนหลับ
ในวิชาที่ได้รับการรักษาด้วยยาขยายหลอดลม theophylline, aminophylline หรือ xanthines ที่เกี่ยวข้องอื่น ๆ คาเฟอีนสามารถทำให้เกิดความตื่นเต้นง่ายอิศวรแรงสั่นสะเทือนและความกังวลใจ
คาเฟอีนยังเพิ่มความเสี่ยงของผลข้างเคียงของยาบางชนิดที่ใช้ในจิตเวชเช่น clozapine antipsychotic; มันยังช่วยลดระดับพลาสมาของลิเธียม
ยาปฏิชีวนะ quinolone เช่น enoxacin, ciprofloxaxcin, grepafloxacin, levofloxacin และ norfloxacin ทำให้คาเฟอีนสะสม (ปริมาณสูงของคาเฟอีนในร่างกายอาจทำให้เกิดปัญหาคลื่นไส้, อาเจียน, กระวนกระวาย
คาเฟอีนทำปฏิกิริยากับสารยับยั้ง MAO เพื่อเพิ่มผลของการกระตุ้นต่อความเห็นอกเห็นใจ ดังนั้นตอนของภาวะหัวใจหยุดเต้นหรือความดันโลหิตสูงอย่างรุนแรงอาจเป็นผลมาจากความสัมพันธ์ของ MAO inhibitors และคาเฟอีน
ในผู้ป่วยที่ได้รับยาต้านการแข็งตัวของเลือด (coumadin - warfarin) ผลการต่อต้านการรวมตัวของคาเฟอีนจะเพิ่มความเสี่ยงต่อการมีเลือดออก
คาเฟอีนลดประสิทธิภาพของยาที่ใช้ในการต่อสู้กับภาวะกลั้นปัสสาวะไม่
ในกรณีของการเชื่อมโยงกับ NSAIDs คาเฟอีนสามารถขยายผล gastrolysis ของหลัง
ระดับคาเฟอีนในเลือดอาจเพิ่มขึ้นจากการรับประทานยาคุมกำเนิดพร้อมกัน
เพื่อสรุปขอให้จำไว้ว่าคาเฟอีนนั้นไม่ได้มีอยู่ในกาแฟเท่านั้น แต่ยังมีอยู่ในอาหารหลายอย่างเช่นโคคา - โคล่าเครื่องดื่มบำรุงกำลังและชาและอาหารเสริมบางชนิด (เช่นที่มีโคล่ามาเต้หรือกวารานา)