ค่าความเป็นกรดด่างของอุจจาระโดยปกติจะมีค่าเป็นกลางหรือเป็นด่างเล็กน้อย (6.8 - 7.5) อุจจาระที่เป็นกรดมากขึ้นทางสรีรวิทยาเฉพาะในทารกแรกเกิดอาจบ่งบอกถึงการติดเชื้อในลำไส้ (Escherichia coli, Rotavirus) หรือความผิดปกติของการย่อยอาหารเช่นแลคโตสหรือการแพ้ไขมัน (ตับอ่อนไม่เพียงพอ
หากค่าความเป็นกรดเป็นด่างของอุจจาระมีแนวโน้มที่จะเพิ่มขึ้นในภาวะที่มีการเน่าเสียของ putrefactive dysbiosis มันมีแนวโน้มที่จะลงไปในที่ที่มีการหมัก dysbiosis ซึ่งเป็นสาเหตุของแหล่งกำเนิดที่จะพบในการบริโภคคาร์โบไฮเดรตมากเกินไป . แม้จะมีปริมาณไขมันในอาหารมังสวิรัติและการอดอาหารเป็นเวลานานค่า pH ของอุจจาระก็จะกลายเป็นกรด
เพื่อหลีกเลี่ยงการบิดเบือนผลการตรวจอุจจาระจะต้องไม่ปนเปื้อนกับปัสสาวะและจะต้องแช่เย็นอย่างรวดเร็วเพื่อป้องกันไม่ให้แอมโมเนียในปัสสาวะและแบคทีเรียที่เน่าเสียง่ายทำให้ pH เป็นด่างของอุจจาระ