เมล็ดกาแฟในระหว่างกระบวนการอุตสาหกรรมสามารถนำไปใช้ในการผลิตกาแฟที่สกัดกาเฟอีนออกได้ กระบวนการนี้เรียกว่าการกำจัดกาเฟอีนออกจะเกิดขึ้นเมื่อเมล็ดยังคงเป็นสีเขียวและไม่เป็นผลจากการคั่ว มีวิธีการมากมายที่สามารถนำไปใช้เพื่อกำจัดคาเฟอีนออกจากกาแฟ แต่ทั้งหมดนั้นเกี่ยวข้องกับการแช่เมล็ดพันธุ์สีเขียวในน้ำร้อน ณ จุดนี้ตัวทำละลายจะถูกเพิ่มซึ่งละลายและแยกน้ำมันที่มีคาเฟอีนจากเมล็ด การกำจัดคาเฟอีนมักถูกนำไปใช้โดย บริษัท แปรรูปกาแฟซึ่งเป็นแหล่งรายได้เพิ่มเติมให้ขายคาเฟอีนให้กับอุตสาหกรรมยา
