การย่อยของคาร์โบไฮเดรตเริ่มต้นในช่องปากและยังคงอยู่ในลำไส้ซึ่งสารอาหารต่างๆจะถูกดูดซึม จุดประสงค์ของกระบวนการนี้คือการไฮโดรไลซิสของไดแซ็กคาไรด์, โอลิโกแซคคาไรด์และโพลีแซคคาไรด์ในโมโนแซคคาไรด์เดี่ยวที่ประกอบขึ้นเป็นพวกมันเพื่อให้สามารถดูดซึมได้จากเยื่อบุลำไส้ ดังที่ได้กล่าวไปแล้วน้ำตาลที่ได้รับการแนะนำจากอาหารเช่นกลูโคสและฟรุกโตสนั้นไม่จำเป็นต้องมีกระบวนการย่อยอาหารใด ๆ และถูกดูดซึมเช่นนี้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งกลูโคสถูกดูดซึมโดยการขนส่งที่ใช้งานในขณะที่ฟรักโทสผ่านเยื่อบุลำไส้โดยการอำนวยความสะดวกการแพร่กระจาย; มันเป็นไปตามที่ levulose ถูกดูดซึมช้าลงและสิ่งนี้มีส่วนช่วยลดดัชนีระดับน้ำตาลในเลือด
แป้งเป็นส่วนสำคัญของคาร์โบไฮเดรตเชิงซ้อนที่ได้รับจากอาหารที่สมดุล มันประกอบด้วยหน่วยกลูโคสจำนวนมากที่เชื่อมโยงกันในแบบเชิงเส้น (อะไมโลส) และแยก (อะไมโลเปคติน) และส่วนใหญ่แนะนำผ่านมันฝรั่งพืชตระกูลถั่วซีเรียลและผลิตภัณฑ์ที่ได้มาเช่นพาสต้าและขนมปัง การย่อยของมันเริ่มต้นที่ปากมันถูกโจมตีโดยน้ำลายα-amylases ซึ่งปล่อย maltose และ isomaltose (disaccharides ประกอบด้วยสมาคมของหน่วยกลูโคสสองหน่วยตามลำดับเชื่อมโยงกันด้วยα-1, 4 และα-1, 6) maltotriose (คราวนี้โมเลกุลของน้ำตาลกลูโคสมีสาม) และเดกซ์ทริน (กลูโคส 7-9 หน่วยโดยมีการแตกแขนง) ที่ระดับปากการย่อยของคาร์โบไฮเดรตไม่ว่าในกรณีใดก็ตาม จำกัด เนื่องจากเวลาที่หายากของอาหารในช่องปาก
กิจกรรมของα-amylases ทำน้ำลายหยุดในกระเพาะอาหารเนื่องจากความเป็นกรดที่เป็นตัวกำหนดสภาพแวดล้อมในกระเพาะอาหาร การย่อยคาร์โบไฮเดรตดำเนินต่อไปและเสร็จสิ้นในลำไส้เล็กด้วยการรวมกันของน้ำย่อยตับอ่อนและลำไส้ ในอดีตมีเอนไซม์α-amylase คล้ายกับน้ำลายหนึ่งซึ่งเปลี่ยนแป้งให้เป็นมอลโตสและเดกทริน สิ่งเหล่านี้ไม่สามารถย่อยสลายได้โดยอะไมเลสตับอ่อนและได้รับการกระทำของเอนไซม์ที่มีลักษณะเฉพาะ (α-1, 6 glycosidase, α-dextrinase หรือ isomaltase) ที่มีอยู่ในเซลล์เยื่อบุผิวของลำไส้เล็ก ในระดับนี้เราจะพบเอนไซม์เพิ่มเติมที่เกี่ยวข้องกับการย่อยไดแซ็กคาไรด์ ตัวอย่างเช่น sucrase นำไปสู่การก่อตัวของกลูโคสและฟรุกโตสจากโมเลกุลของซูโครสและให้การย่อยสลายของมอลโตสและมอลโตสในการทำงานร่วมกันกับเอนไซม์ maltase; ในที่สุดแลคเตสย่อยสลายน้ำตาลนมด้วยการย่อยน้ำตาลกลูโคสและกาแลคโตส (การขาดเอนไซม์นี้ซึ่งพบได้บ่อยในวัยผู้ใหญ่โดยเฉพาะในประชากรผิวดำมีหน้าที่แพ้แลคโตส)
เมื่อการย่อยคาร์โบไฮเดรตเสร็จสิ้นในโมโนแซคคาไรด์แต่ละตัวที่เป็นส่วนประกอบแล้วน้ำตาลก็พร้อมที่จะถูกดูดซึม ตามที่คาดไว้การดูดซึมดังกล่าวสามารถเกิดขึ้นได้โดยการอำนวยความสะดวกในการแพร่กระจาย (ฟรุกโตส) หรือโดยการขนส่ง
คาร์โบไฮเดรตที่นำมาใช้กับอาหารไม่สามารถย่อยได้ทั้งหมดและแม้แต่แป้งเองโดยเฉพาะอย่างยิ่งถ้าดิบอาจย่อยได้ยาก ผักบางชนิดเช่นพืชตระกูลถั่วมีสาร oligosaccharides ที่ย่อยไม่ได้ (raffinose, verbascose และ stachiose) อาร์กิวเมนต์ที่คล้ายกันสำหรับเส้นใยอาหารรวมถึงเซลลูโลส การย่อยคาร์โบไฮเดรตเหล่านี้สามารถทำได้สำหรับสัตว์อื่น ๆ เช่นสัตว์เคี้ยวเอื้องและแบคทีเรียในลำไส้ใหญ่ของเรา จุลินทรีย์เหล่านี้หมักเส้นใยอาหารโดยผลิตกรดไขมันที่มีฤทธิ์เป็นยาระบาย, สารอาหารสำหรับเยื่อบุลำไส้ใหญ่และมีค่าสำหรับสุขภาพโดยทั่วไปของสิ่งมีชีวิตทั้งหมด
